Con lo que respecta a las vinculaciones institucionales se involucran los siguientes agentes: CONAPESCA, INAPESCA, CENTROS REGIONALES DE INVESTIGACIÓN PESQUERA (CRIP) Y SUBDELEGACIONES DE PESCA Y GOBIERNOS ESTATALES.

CONAPESCA se encarga de diseñar el marco normativo en base a lineamientos de cadenas para la participación de los Comités Sistema Producto a través de la convocatoria al programa de apoyo anual, además de supervisar, dictaminar y dar seguimiento continuo de los recursos entregados y sus aplicaciones correspondientes.

INAPESCA es el agente técnico encargado de la administración de los recursos entregados a los beneficiarios, a la vez se encarga de realizar informes de avances físico financiero con el afán de ir dando seguimiento y evaluar la aplicación de toda implementación con los recursos adquiridos.

Los CENTROS REGIONALES DE INVESTIGACIÓN PESQUERA son los encargados de realizar investigaciones sobre un análisis FODA (FORTALEZAS, OPORTUNIDADES, DEBILIDADES Y AMENAZAS), con el fin de verificar toda necesidad de investigación y desarrollo tecnológico.

Las SUBDELEGACIONES DE PESCA Y GOBIERNOS ESTATALES son la representación de autoridad federal y estatal a nivel local, los cuales supervisan todas las acciones de los comités, estableciendo contacto directo con los elementos que lo integran para una retroalimentación y mejor desempeño.